Сегодня ЖКХ является ключевым фактором в вопросах загрязнения водоемов в небольших городах, причем его роль усиливается. А по причине нехватки средств очистные сооружения не ремонтируются, а степень очистки воды традиционно низкая.
Основной общей проблемой при этом остается отсутствие ливневой канализации и системы вывоза с улиц снега. В результате неочищенные дождевые и талые воды сбрасываются непосредственно в водные источники, нередко даже в уникальные природные объекты. Переславль-Залесский сбрасывает стоки в Плещеево озеро, в Тутаеве большую опасность представляют пруды-накопители кислого гудрона на предприятии ОАО «Славнефть-ЯНПЗ им. Менделеева», основанном в 1879 году. Общее количество накопленного в водоохранных зонах рек Печегды и Волги кислого гудрона (отход второго класса опасности) оценивается приблизительно в 473тыс.т.
Наверное, еще одна из самых главных проблем связана со свалками. В малых городах обычно не существует каких-то оборудованных полигонов. Свалкам нужна гидроизоляция, и то, чтобы они были обвалованы, а это уже дополнительные средства. Муниципалитеты нередко сбрасывают бытовые отходы в ближайший овраг. Если свалка становится слишком большой, ее поджигают, а когда сжигаются бытовые отходы, в воздух выбрасываются такие высокотоксичные вещества, как диоксины.